Инкубационный период при кишечных инфекциях короткий, чаще всего — не более 2-3 дней, при пищевом пути заражения — исчисляется часами. Начало заболевания, как правило, острое. Исключением являются поражения стафилококковой этиологии, возникающие в результате контактно-бытового инфицирования.

Ведущими клиническими признаками кишечных инфекций являются повышение температуры тела, учащение дефекаций, изменение вида испражнений нарушение аппетита, рвота, боли в животе, у детей раннего возраста — отказ от еды, вялость, беспокойство. То или другое сочетание признаков и их выраженность зависят от тяжести болезни, вида возбудителя. При ОКИ вирусной этиологии наряду с поражением кишечника отмечаются изменения со стороны верхних дыхательных путей: неба, дужек, язычка — при противовирусной инфекции; трахеобронхит — при аденовирусной инфекции. В случаях крептоспоридоза (протозойная инфекция), клиническая симптоматика сходна с бактериальными кишечными инфекциями.

Каждой кишечной инфекции свойственно большое разнообразие форм — от субклинических до крайне тяжелых. Клиническая картина меняется также в зависимости от того, какие отделы желудочно-кишечного тракта вовлечены в патологический процесс наряду с теми, которые обязательно поражаются при данной инфекции.

Острый гастрит — проявляется отрыжкой, тошнотой, рвотой, болями в эпигастрии спонтанными и при пальпации, обложенностью языка. Наличие жидкого стула свидетельствует об одновременном поражении кишечника.

Острый энтерит — проявляется водянистым стулом, часто обезвоживанием, вздутием живота, урчанием.

Острый колит — учащение стула без большого количества воды, с примесью слизи и, часто, крови. Последнее, а также тенезмы, зияние ануса (у грудных детей) говорят о более глубоком поражении стенки кишечника. Обычно пальпируется спазмированная сигма. Те же признаки в сочетании с обильным жидким стулом говорят об энтероколите.

Любая из острых кишечных инфекций может протекать с синдромом эксикоза, если она сопровождается частым стулом и рвотой.